レイトン教授に送られてきた一通の手紙。それは友人であり尊敬する師でもあるアンドルー・シュレーダー博士からだった。
一長年追い求めてきた『悪魔の箱』をついに手に入れた。ちゃんと調査が済むまでは開けまいと思っていたが箱の魅力にとりつかれ我慢できずにに開けてしまいそうだった。
自分の身に何かあったら後を頼む。
心配になったレイトン教授は助手のルークを連れて博士を訪ねるとそこにはすでに絶命した博士のの姿が・・・
開けて中を見た者は必ず死ぬという伝説の秘宝『悪魔の箱』。
美しい箱にかけられた呪いが・・・
何者かによる陰謀か・・・
現場から消えた悪魔の箱。
その新たに発見された『モントリー急行』の使用済みキップ。
それは博士からのメッセージなのか?
2人は唯一の手がかりであるモントリー急行に乗ってナゾを解明すべく旅に出た。